يحدد المحقق عشرات الدراسات التي استخدمت الجسم المضاد الخطأ

من الواضح أن أكثر من 50 دراسة حول شيخوخة الخلايا استخدمت الجسم المضاد الخاطئ لتحديد البروتين الرئيسي في التجارب، وفقًا لمحقق علمي.

وتأتي هذه الحالة الأخيرة بعد شهرين من قيام شولتو ديفيد، عالم الأحياء الجزيئية المستقل المقيم في المملكة المتحدة، حددت مئات الدراسات مع خطأ مماثل وبعد ثلاثة أشهر اكتشف هو وباحث آخر مشاكل صور التحقق من صحة الأجسام المضادة في كتالوج أحد أكبر الموردين في العالم، شركة Thermo Fisher Scientific، التي يقع مقرها الرئيسي في والثام، ماساتشوستس. أبلغ ديفيد عن أحدث خلط للأجسام المضادة في مشاركة 21 يوليو على مدونة النزاهة البحثية من أجل علوم أفضل. ليس من الواضح ما إذا كانت العيوب تؤثر على الدراسات، لكن ديفيد يقول إنها قد تؤثر في بعض الحالات.

تعتبر الأجسام المضادة بمثابة العمود الفقري للتجارب البيولوجية لأنها ترتبط ببروتينات معينة وتتتبعها. ولكنهم أيضا أ مصدر للعديد من المشاكل. وفي بعض الحالات، يكافح الباحثون لتكرار التجارب على الرغم من استخدام أجسام مضادة متطابقة. وفي حالات أخرى، تتعرف الأجسام المضادة على بروتينات أخرى، بالإضافة إلى البروتينات التي يتم بيعها للكشف عنها، مما يؤدي إلى نتائج غير موثوقة.

في الحالة الأخيرة، يقول ديفيد إنه يبدو أن الباحثين اختاروا الأجسام المضادة الخاطئة، فبدلاً من استخدام تلك التي تستهدف بروتينات الثدييات التي يُعتقد أنها تكشف معلومات عن الشيخوخة، أدرجت أوراقهم أجسامًا مضادة ترتبط بالبروتينات البكتيرية. وهذا يسلط الضوء على مشكلة أكبر في علم الأحياء، حيث يتم استخدام الكواشف في التجارب بشكل سيئ، أو لا يتم توصيفها بشكل مناسب، كما يقول أليد إدواردز، عالم الكيمياء الحيوية في اتحاد الجينوم الهيكلي في تورونتو، كندا. ويقول إنه في عالم مثالي، سيتحقق الباحثون من صحة الأجسام المضادة، للتأكد من أنها تعمل كما هو مخطط لها، قبل بدء التجربة. ويضيف أن هذا قد يستغرق وقتًا طويلاً ومكلفًا.

وهو يعتقد أن المشكلة ستزداد سوءًا مع استخدام المزيد من الباحثين لنماذج الذكاء الاصطناعي لمراجعة الأدبيات والتنبؤات حول البروتينات التي يمكن أن تكون أهدافًا جيدة لعلاج الأمراض. ويضيف أنه إذا تم الإبلاغ عن الأجسام المضادة الخاطئة في الأوراق، فقد يؤدي ذلك إلى إلغاء مثل هذه التوقعات.

دراسات شيخوخة الخلايا

يستخدم الباحثون الذين يدرسون الشيخوخة جسمًا مضادًا لتحديد متى تتوقف الخلايا عن الانقسام ولكنها تظل على قيد الحياة – وهي حالة تسمى الشيخوخة. يريد العلماء أن يفهموا هذه العملية لأن الخلايا غير المنقسمة تتراكم في الأنسجة، مما يسبب الالتهابات وإفراز البروتينات التي يمكن أن تضر الخلايا المجاورة.

السمة المميزة للخلايا الهرمة هي نشاط إنزيم يسمى β-galactosidase. وباستخدام جسم مضاد من الثدييات يرتبط بـ β-galactosidase، يستطيع العلماء اكتشاف البروتين باستخدام تقنيات التصوير، مثل الصبغ المناعي أو النشاف الغربي، ومن خلال القيام بذلك، يمكن تحديد الشيخوخة نظريًا. (هناك بعض الخلاف حول ما إذا كانت هذه التقنية قادرة على تحديد الخلايا بدقة في مرحلة الشيخوخة، ولكن لا يزال بعض الباحثين يستخدمونها).

ومع ذلك، يقول ديفيد إنه حدد ما لا يقل عن 54 ورقة بحثية ذكر فيها المؤلفون أنهم استخدموا جسمًا مضادًا يستهدف β-galactosidase من الإشريكية القولونية البكتيريا. يقول ديفيد إن استخدام هذا الجسم المضاد لمحاولة التعرف على تعبير β-galactosidase في خلايا الثدييات لن ينجح. وكتب في مدونته: “هذا خطأ فادح”.

يقول ديفيد إن الأجسام المضادة التي تستهدف أحد أنواع الثدييات قد تتفاعل مع بروتينات من نوع آخر، لكن “التفاعل عبر المملكة بعيد الاحتمال، ولا تدعمه الأدلة النظرية أو التجريبية”.

بعض الشركات المصنعة التي تزود الإشريكية القولونية تشير الأجسام المضادة لـβ-galactosidase إلى أنها قد تتفاعل بشكل متقاطع مع أنواع أخرى، لكن مثل هذه التنازلات غالبًا ما تكون عامة، ولن تكون معظم الشركات قد أكدت تجريبيًا التفاعل المتبادل، كما تقول جينيفر بيرن، باحثة السرطان في جامعة سيدني في أستراليا.

ليس من الواضح ما إذا كان العلماء قد استخدموا عن قصد أو عن غير قصد الإشريكية القولونية جسم مضاد. واعترف فريق واحد على الأقل استخدم الجسم المضاد البكتيري بدلًا من فريق الثدييات في ورقته البحثية بأن النتائج لم تكن كما كان متوقعًا.

يقول دان ليبرمان، عالم وراثة السرطان المتقاعد الذي كان يعمل سابقًا في جامعة تيمبل في فيلادلفيا، بنسلفانيا، إنه استخدم عن طريق الخطأ الإشريكية القولونية الأجسام المضادة بدلاً من الأجسام المضادة للثدييات في التجارب المفصلة في عام 2010 أبحاث السرطان ورق¹ على استجابات الإجهاد الخلوي في سرطان الثدي. ويقول ليبرمان إن الخطأ لا يؤثر على استنتاجات العمل لأن الإشريكية القولونية قدمت تجارب الأجسام المضادة البيانات المساعدة فقط. يقول: “لم أقصد خداع المجتمع العلمي. لقد تجاهل الجميع ذلك: المؤلفون المشاركون معي، والمتعاونون معي، والمراجعون”. المحررين أبحاث السرطان ولم تستجب لطلبات التعليق على القضايا المثارة حول الصحيفة.

أوراق التعريف

يقول ديفيد إنه اكتشف المشكلة لأول مرة عندما أرسل له أحد الباحثين ورقة بحثية² نشرت في خلية التي أدرجت الإشريكية القولونية الأجسام المضادة β-galactosidase المستخدمة في أنسجة كبد الفأر. ورفض المؤلف المقابل للورقة، خوان كارلوس إيزبيسوا بيلمونتي، من Altos Labs في سان دييغو، كاليفورنيا، التعليق على الأمر. خلية يقول أنه يبحث في ذلك.

بعد رؤية خلية يقول ديفيد إنه وجد ثلاث شركات مصنعة أخرى للأجسام المضادة لـβ-galactosidase التي تستهدف الهدف الإشريكية القولونية، والتي يبدو أن الباحثين استخدموها في التطبيق الخاطئ في 53 ورقة بحثية أخرى.

تم نشر الأوراق البحثية في مجموعة من المجلات، من المجلات البارزة (بما في ذلك خلية و شيخوخة الطبيعة)، إلى ألقاب أقل تأثيرا. (طبيعةفريق الأخبار الخاص بـ مستقل عن فرق الدوريات.) يقول تيم كيرسجيس، رئيس قسم نزاهة الأبحاث والقرارات في Springer Nature، إن الفريق سيقوم بتقييم المخاوف التي أثيرت في المدونة. ويقول: “إذا أكد تقييمنا صحة هذه المخاوف، فسنتخذ الإجراء التحريري المناسب”.